발효공업이나 발효식품제조에 이용되는 균주는 그 기능성이 항상 유지되도록 보존하는 것이 매우 중요하다. 또한 균주보존에서 균의사멸, 변이, 잡균의 오염 등이 철저하게 관리되는 것이 필요하다.
미생물의 보존방법으로는 계대배양법, 저온법, 동결법 및 동결건조법 등의 방법이 사용되어 왔다. 단기간 보존에는 0~4℃에서 미생물의 증식을 억제시키면서 일정기간 보존이 가능하다.
하지만 미생물의 종류에 따라서 세포의 생육능력이 다르며, 유산균의 경우는 1달정도 보관이 가능한 것도 있다. 미생물의 영양세포나 포자를 일회용 유리관에 넣어 -80°C 액체질소에 보존하는 방법이 보존성이나 해동 후의 생존율 면에서 가장좋고 생리활성에도 거의 변화가 없는 것으로 알려져 있다.
일반적으로 동결된 세포가 해동 후에 좋은 활성을 갖도록 동결보호제를 첨가하여 동결시킨다. 이에는 DMSO, 글리세롤, nonfat milk, MSG 등이 사용된다.
현재 유산균, 효모 등 대부분 균주들이 동결건조법으로 처리됨으로서 균주를 필요로 하는 연구자에게 공급이 용이하고 실온에서 수년간 보존이 가능하게 되었다.