일반적으로 미생물의 분리 목적은 어느 특정 분류균에 속하는 미생물의 분리, 어느 특정기질에 출현하는 미생물의 분리, 어느 특정 지역에 서식하는 미생물의 분리, 어느 특정 생리적기능을 가진 미생물의 분리 등 4가지로 나뉜다.
발효공업에 이용되는 유용미생물을 분리하는 경우 4가지 목적이 모두 포함될 수 있으며, 그 방법은 분리시료의 채취, 배양, 순수분리, 검색(선별)의 순서로 실시된다.
미생물의 분리에 있어서 가장 먼저 해야하는 것은 미생물이 정착하고 있다고 생각되는 기질, 즉 분리원을 채취하는 일이다. 출현이 예상되는 미생물은 기질의 종류, 부위, 기질의 상태, 산지, 계절 등에 따라 달라질 수 있다.
어떤 목적으로 어떤 미생물을 분리할 것인가를 미리 정한 다음 분리의 대상이 되는 분리원과 출현이 예상되는 미생물에 대하여 기질채취이전에 충분한 문헌조사를 실시하고 분리원의 종류, 채취장소, 채취시기, 분리방법, 분리.배양용 배지, 배양조건 등을 선정한다.
또한 미생물은 온도, 식염농도, 산소, pH, 영양원 등의 인자에 따라 생육도가 달라지므로 분리의 목적에 맞도록 배지조성이나 배양온도 등의 분리조건을 선택해야 한다.